2001年原完美体育·(中国)官方网站成立后，生物医学工程学科调整到完美体育·(中国)官方网站，并成立了生物医学工程系
著名医学科学家、两院院士吴阶平先生担任原完美体育·(中国)官方网站首任院长。
生物物理学家赵南明教授担任原完美体育·(中国)官方网站常务副院长 。
生物医学工程系首位系主任为王小勤教授。
清华大学第一附属医院创办于1959年2月，原为国家信息产业部直属医院，2003年4月划归清华大学，成为清华大学附属医院，是集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级综合医院。
清华大学玉泉医院原为北京玉泉医院(电子工业部402医院)，1983年12月正式开诊，曾先后隶属于第四机械工业部、电子工业部、机械电子工业部和信息产业部。2003年4月划归清华大学，更名清华大学玉泉医院。
清华大学第一附属医院首任院长为陈明哲教授。
清华大学玉泉医院首任院长为左焕琮教授。
中国协和医科大学更名为北京协和完美体育·(中国)官方网站 (清华大学医学部)，开启清华-协和的紧 密合作。
2008年，清华大学原副校长施一公担任原完美体育·(中国)官方网站常务副院长，期间大力引进医学人才，推动完美体育·(中国)官方网站各项事务发展。
清华大学自2009年开创“医学实验班”并招收临床医学八年制医学生，开启培养卓越医学人才之路。
景军教授担任中心主任。
1月，经校务会议讨论，决定成立清华大学基础医学系
1月，经校务会议讨论，决定成立清华大学药学系。同年11月举办了药学系建系仪式
由清华大学汇集海内外医院管理领域优质办学资源凝聚清华大学众多一级院系以及众多一级学科力量组建的我国首家专业从事医院管理研究和培养现代医院
基础医学系首任系主任为张林琦教授。
药学系首任主任为刘刚教授。
医院管理学院首任院长为全国政协常委、原国家卫生部副部长黄洁夫教授。
2013-2016 年，鲁白教授担任原完美体育·(中国)官方网站常务副院长
2014年11月28日，北京清华长庚医院举办开幕典礼，正式开业。
北京清华长庚医院首任院长为中国工程院院士、国际知名肝胆外科专家董家鸿教授。
为更好地满足药学学科发展需求，经校务会议讨论，决定成立清华大学药学院。2015年12月25日，药学院正式成立。
2015年12月至2022年6月，丁胜教授担任药学院首任院长。
学院集医学教育、医疗服务和科学研究“三位一体”，以培养卓越医师和医学科学家为核心要务，创新医学教育模式和教学方法，构建具有清华风格的现代医学教育体系。
中国工程院院土、国际知名肝胆外科专家董家鸿教授担任院长。
2016年-2020年 董晨教授先后担任原完美体育·(中国)官方网站常务副院长、院长。
学院成立于2020年4月2日，是清华大学响应全球发展趋势和国家重大需求，积极承担使命的历史性举措，也是应对全球重大公共健康问题而及时做出的“学科响应”
2020年12月-2024年1月 ，祁海教授担任原完美体育·(中国)官方网站院长
万科公共卫生与健康学院 首任院长为世界卫生组织荣誉总干事陈冯富珍。
6月，经清华大学党委常委会决议，重组清华医学架构，撒销原完美体育·(中国)官方网站，组建由基础完美体育·(中国)官方网站、生物医学工程学院、药学院、临床完美体育·(中国)官方网站以及北京清华长庚医院、清华大学第一附属医院、清华大学玉泉医院构成的新清华完美体育·(中国)官方网站。完美体育·(中国)官方网站（Tsinghua Medicine）统筹清华大学的医学教育、科研、合作与社会服务。
基础完美体育·(中国)官方网站、生物医学工程学院、医疗管理学院、临床完美体育·(中国)官方网站（北京清华 长庚医院）揭牌仪式。
国际著名眼科国际专家和临床科学家、新加坡国家科学院院士、美国国家完美体育·(中国)官方网站外籍院士黄天荫教授担任完美体育·(中国)官方网站院长
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