从事心血管外科临床和有关基础研究工作40余年，在先天性心脏病、冠心病、心脏瓣膜病、大血管疾病、人工左心辅助等领域皆有突出建树和创新成果，特别是冠心病、瓣膜病及疑难复杂先天性心脏病手术疗效达世界领先水平。

在国际上首创了多种手术新术式治疗复杂心脏畸形，其中Ebstein畸形解剖矫治术曾被国际上最负盛名的治疗小儿先心病的专家克利夫兰医学中心小儿心脏外科主任Roger B. B. Mee教授认为是治疗Ebstein畸形的重大进展，美国梅奥诊所著名心脏外科专家 Joseph A. Dearani教授率领的手术小组于2004年专程来我院学习此项技术。迄今吴清玉教授是世界上治疗Ebstein畸形患者数量最多、疗效最好的心血管外科专家。他曾6次应邀赴国外进行手术示范。

他将法洛四联症根治术的手术成功率由90%左右提高到99%以上，保持至今，达国际领先水平。他提出的治疗法洛四联症的原则和手术方法至今还在指导着临床工作。相关论文发表于美国《胸外科年鉴》，世界心外科创始人之一C.W.Lillehei教授在特邀评论中正式评价：所得出的结论正确，手术结果可能是英文文献中最好的。

经过大量临床实践，他在国内率先解决了冠状动脉搭桥术的关键技术问题，并培训了大量的人才，以各种方式进行推广，包括举办各种学习班等。2000年，他首次在网上向全世界直播冠脉搭桥手术全过程。1993年以来，他亲自手术治疗各种疑难复杂危重冠心病患者3500余例，冠状动脉搭桥手术成功率99.5%以上。作为第一完成人，他负责的“提高冠心病外科治疗效果的临床与基础研究”获得国务院颁发的2002年国家科学技术进步二等奖。

1990年以来，他率先在国内成功开展了心房心室双调转手术、Ross手术、为晚期冠心病患者植入左心辅助装置两年后又成功进行心脏移植等26种高难度手术，全部获得成功。

2014年为出生仅2小时的完全性大动脉转位新生儿实施了大动脉调转术，术后恢复良好。

2008年为出生11小时患有完全性大动脉转位的新生儿成功实施了根治手术。

2006年成功为罕见的复杂心脏畸形(右旋心、大动脉左转位、单心房、左室双出口、完全性心内膜垫缺损、肺动脉瓣及瓣下狭窄、永存左上腔)合并无脾综合征的患者实施了根治手术。该手术在全世界未有先例。患儿目前生长发育良好。

2005年3月，在国内创纪录地使用人工肺(ECMO)长达17天，成功救治了一例左室双出口术后顽固性低氧血症濒死的患者。这是国内首例应用人工肺时间最长的患者，为中国危重心肺病变患者的治疗提供了成功的经验。

2001年3月首次在国内给晚期心衰患者置入体内人工左心辅助装置，25个月后又为其进行了心脏移植。患者生存至今并已正常工作，是我国迄今安装左心辅助装置时间最长并成功进行心脏移植的患者，在亚洲也仅有个别成功的记录。

2001年成功开展了非常复杂的心房+心室双调转手术，为矫正性大动脉转位的治疗提供了新的方法。

1999年首先开展了非体外循环下双向格林手术，并获成功。

1998年首先开展了Ross手术。该手术由于需要主动脉、肺动脉根部的替换和心脏冠状动脉的重新移植，被认为是心血管外科领域的最难手术之一。他借鉴国外经验，对手术方法进行了改进，效果明显优于人工瓣膜替换。

1998年成功开展了冠状动脉搭桥合并特发性心肌病同期手术。

1997年在国际上首次报告了室间隔夹层瘤的手术治疗方法和结果，并对病因进行了探讨。

1997年改进了传统治疗主动脉弓中断或缩窄合并心内畸形手术方法，使原本需分次手术的疾病一次手术即可治愈，显著提高了手术成功率。

1997年成功开展了慢性栓塞性肺动脉高压血栓内膜剥脱术，为本病的外科治疗进行了开拓性工作。

1994年成功开展心肺移植手术。患者为终末期心肺病变，手术异常顺利，死于意外和感染，手术后存活15天，为当时国内最好记录。

从事心血管外科临床和有关基础研究工作40余年，在先天性心脏病、冠心病、心脏瓣膜病、大血管疾病、人工左心辅助等领域皆有突出建树和创新成果，特别是冠心病、瓣膜病及疑难复杂先天性心脏病手术疗效达世界领先水平。

在国际上首创了多种手术新术式治疗复杂心脏畸形，其中Ebstein畸形解剖矫治术曾被国际上最负盛名的治疗小儿先心病的专家克利夫兰医学中心小儿心脏外科主任Roger B. B. Mee教授认为是治疗Ebstein畸形的重大进展，美国梅奥诊所著名心脏外科专家 Joseph A. Dearani教授率领的手术小组于2004年专程来我院学习此项技术。迄今吴清玉教授是世界上治疗Ebstein畸形患者数量最多、疗效最好的心血管外科专家。他曾6次应邀赴国外进行手术示范。

他将法洛四联症根治术的手术成功率由90%左右提高到99%以上，保持至今，达国际领先水平。他提出的治疗法洛四联症的原则和手术方法至今还在指导着临床工作。相关论文发表于美国《胸外科年鉴》，世界心外科创始人之一C.W.Lillehei教授在特邀评论中正式评价：所得出的结论正确，手术结果可能是英文文献中最好的。

经过大量临床实践，他在国内率先解决了冠状动脉搭桥术的关键技术问题，并培训了大量的人才，以各种方式进行推广，包括举办各种学习班等。2000年，他首次在网上向全世界直播冠脉搭桥手术全过程。1993年以来，他亲自手术治疗各种疑难复杂危重冠心病患者3500余例，冠状动脉搭桥手术成功率99.5%以上。作为第一完成人，他负责的“提高冠心病外科治疗效果的临床与基础研究”获得国务院颁发的2002年国家科学技术进步二等奖。

1990年以来，他率先在国内成功开展了心房心室双调转手术、Ross手术、为晚期冠心病患者植入左心辅助装置两年后又成功进行心脏移植等26种高难度手术，全部获得成功。

2014年为出生仅2小时的完全性大动脉转位新生儿实施了大动脉调转术，术后恢复良好。

2008年为出生11小时患有完全性大动脉转位的新生儿成功实施了根治手术。

2006年成功为罕见的复杂心脏畸形(右旋心、大动脉左转位、单心房、左室双出口、完全性心内膜垫缺损、肺动脉瓣及瓣下狭窄、永存左上腔)合并无脾综合征的患者实施了根治手术。该手术在全世界未有先例。患儿目前生长发育良好。

2005年3月，在国内创纪录地使用人工肺(ECMO)长达17天，成功救治了一例左室双出口术后顽固性低氧血症濒死的患者。这是国内首例应用人工肺时间最长的患者，为中国危重心肺病变患者的治疗提供了成功的经验。

2001年3月首次在国内给晚期心衰患者置入体内人工左心辅助装置，25个月后又为其进行了心脏移植。患者生存至今并已正常工作，是我国迄今安装左心辅助装置时间最长并成功进行心脏移植的患者，在亚洲也仅有个别成功的记录。

2001年成功开展了非常复杂的心房+心室双调转手术，为矫正性大动脉转位的治疗提供了新的方法。

1999年首先开展了非体外循环下双向格林手术，并获成功。

1998年首先开展了Ross手术。该手术由于需要主动脉、肺动脉根部的替换和心脏冠状动脉的重新移植，被认为是心血管外科领域的最难手术之一。他借鉴国外经验，对手术方法进行了改进，效果明显优于人工瓣膜替换。

1998年成功开展了冠状动脉搭桥合并特发性心肌病同期手术。

1997年在国际上首次报告了室间隔夹层瘤的手术治疗方法和结果，并对病因进行了探讨。

1997年改进了传统治疗主动脉弓中断或缩窄合并心内畸形手术方法，使原本需分次手术的疾病一次手术即可治愈，显著提高了手术成功率。

1997年成功开展了慢性栓塞性肺动脉高压血栓内膜剥脱术，为本病的外科治疗进行了开拓性工作。

1994年成功开展心肺移植手术。患者为终末期心肺病变，手术异常顺利，死于意外和感染，手术后存活15天，为当时国内最好记录。

作为第一完成人主持的两个科研项目“疑难先心病外科治疗的临床和基础系列研究”、“提高冠心病外科治疗效果的基础与临床研究”分别获得国家科学技术进步二等奖，总计共获国家科学技术进步二等奖级奖4项，省部级奖10项。发表学术论文481篇，其中以第一作者或通讯作者发表210篇。主编参编专著15部，培养博士、硕士59人。他培养了很多专家和学科带头人，为救治广大患者做出了突出贡献。